قسم الكائنات الدقيقة احد اقسام العلوم الطبية الاساسية بالمرحلة الثانية (السنة الثالثة) تأسس القسم في العام الجامعي 2002-2003 م ويدرس القسم مادة الكائنات الطبية الدقيقة والمناعة لطلبة السنة الثالثة، ويعتبر قسم الكائنات الدقيقة أحد أهم الأقسام الأساسية في كليات الطب البشري والذي يتكامل مع باقي الأقسام داخل الكلية لتحقيق رؤية الكلية والقيام برسالتها.